Identifying metal-binding small biological molecules

Afarawe awọn ipo ti ẹkọ iṣe-ara ṣe iranlọwọ fun awọn oniwadi lati wa awọn asopọ irin

Awọn oniwadi ti ṣe agbekalẹ ọna kan fun idanimọ awọn ohun elo kekere ti o so awọn ions irin.Awọn ions irin ṣe pataki ni isedale.Ṣùgbọ́n ṣíṣe ìdánimọ̀ àwọn molecule—àti ní pàtàkì àwọn molecule kéékèèké—àwọn ions onírin tí wọ́n ń bá lò lè jẹ́ ìpèníjà.

Lati ya awọn metabolites fun itupalẹ, awọn ọna metabolomics ti aṣa lo awọn olomi Organic ati awọn pH kekere, eyiti o le fa awọn eka irin lati pinya.Pieter C. Dorrestein ti Yunifasiti ti California San Diego ati awọn alabaṣiṣẹpọ fẹ lati tọju awọn ile-iṣọ papọ fun itupalẹ nipa ṣiṣe awọn ipo abinibi ti a rii ni awọn sẹẹli.Ṣugbọn ti wọn ba lo awọn ipo iṣe-iṣe-ara lakoko ipinya ti awọn ohun alumọni, wọn yoo ti ni lati tun awọn ipo ipinya pọ si fun ipo-ara kọọkan ti o fẹ lati ṣe idanwo.

Dipo, awọn oniwadi ni idagbasoke ọna ipele-meji ti o ṣafihan awọn ipo iṣe-ara laarin iyatọ chromatographic ti aṣa ati iṣiro spectrometric pupọ (Nat. Chem. 2021, DOI: 10.1038 / s41557-021-00803-1).Ni akọkọ, wọn yapa jade ti ibi nipa lilo chromatography olomi iṣẹ ṣiṣe giga ti aṣa.Lẹhinna wọn ṣe atunṣe pH ti sisan ti n jade kuro ni ọwọn chromatographic lati farawe awọn ipo ti ẹkọ ẹkọ ẹkọ ẹkọ ẹkọ ẹkọ ẹkọ ẹkọ ẹkọ ti ẹkọ iwulo, fikun awọn ions irin, ati ṣe atupale adalu pẹlu iwoye pupọ.Wọn ṣe itupalẹ ni ẹẹmeji lati gba iwoye pupọ ti awọn ohun elo kekere pẹlu ati laisi awọn irin.Lati ṣe idanimọ iru awọn ohun elo ti o so awọn irin, wọn lo ọna iširo kan ti o nlo awọn apẹrẹ ti o ga julọ lati ṣe afihan awọn asopọ laarin awọn iwoye ti awọn ẹya ti a dè ati awọn ẹya ti ko ni asopọ.

Ọna kan lati tun farawe awọn ipo iṣe-ara, Dorrestein sọ pe, yoo jẹ lati ṣafikun awọn ifọkansi giga ti ions bii iṣuu soda tabi potasiomu ati awọn ifọkansi kekere ti irin ti iwulo.“O di idanwo idije.Yoo sọ fun ọ ni ipilẹ, O DARA, moleku yii labẹ awọn ipo wọnyẹn ni itara diẹ sii lati di iṣuu soda ati potasiomu tabi irin alailẹgbẹ kan ti o ti ṣafikun,” Dorrestein sọ."A le fun ọpọlọpọ awọn irin oriṣiriṣi lọpọlọpọ nigbakanna, ati pe a le loye ààyò ati yiyan ni agbegbe yẹn."

Ninu awọn iyọkuro aṣa lati Escherichia coli, awọn oniwadi ṣe idanimọ awọn agbo ogun-irin ti a mọ gẹgẹbi yersiniabactin ati aerobactin.Ninu ọran yersiniabactin, wọn ṣe awari pe o tun le di zinc.

Awọn oniwadi ṣe idanimọ awọn agbo-ara-irin-irin ni awọn ayẹwo bi eka bi ọrọ Organic ti tuka lati inu okun."Iyẹn jẹ Egba ọkan ninu awọn ayẹwo eka julọ ti Mo ti wo lailai,” Dorrestein sọ."O ṣee ṣe bi eka bi, ti ko ba ni idiju ju, epo robi lọ."Ọna naa ṣe idanimọ acid domoic bi molecule-abuda bàbà ati daba pe o di Cu2+ gẹgẹbi dimer.

"Ona omics lati ṣe idanimọ gbogbo awọn iṣelọpọ ti o ni asopọ irin ni apẹẹrẹ jẹ iwulo pupọ nitori pataki ti chelation irin ti ibi," Oliver Baars, ti o ṣe iwadi awọn iṣelọpọ irin-irin ti iṣelọpọ nipasẹ awọn ohun ọgbin ati awọn microbes ni Ile-ẹkọ giga ti Ipinle North Carolina, kọwe ninu imeeli.

"Dorrestein ati awọn alabaṣiṣẹpọ pese ohun ti o wuyi, iwulo pupọ, ṣe iwadii lati ṣe iwadii dara julọ kini ipa ti ẹkọ iṣe-ẹkọ ti awọn ions irin ninu sẹẹli le jẹ,” Albert JR Heck, aṣáájú-ọnà kan ni awọn itupalẹ ibi-iwoye ibi-itọwo abinibi ni Ile-ẹkọ giga Utrecht, kọwe ninu imeeli.“Igbese ti o tẹle yoo jẹ lati yọ awọn metabolites labẹ awọn ipo abinibi lati inu sẹẹli ki o si pin iwọn wọnyi tun labẹ awọn ipo abinibi, lati rii iru awọn iṣelọpọ agbara ti o gbe iru awọn ions irin cellular endogenous.”

Akoko ifiweranṣẹ: Oṣu kejila-23-2021